菏澤市博物館位于山東省菏澤市牡丹區華英路537號，是國家三級博物館，館藏文物數共收藏有包括陶器、瓷器、金屬器、玉器、木器、骨角器、紙本絹本等質地的各類文物18374件，其中珍貴文物266件（一級文物1件，二級文物39件，三級文物226件）。
在菏澤市博物館收藏的文物中，代表性的精品文物有晚商饕餮紋青銅宰甫卣、元青花龍紋梅瓶、元青花魚藻紋高足碗、元青花花鳥紋花口盤、元白地褐彩龍鳳紋罐、元卵白釉云龍紋高足杯、鈞瓷盞托、元龍泉窯青釉八寶紋盤、犀角杯、唐寅《山居對弈圖》、李古�！读�燕圖》等。山東菏澤市博物館館藏文物上起龍山文化時期，下至民國時期，形成了不斷代的文物藏品鏈條，對研究菏澤歷史文化發展提供了豐富的實物資料。

菏澤市博物館成立于1984年，也是省、市愛國主義教育基地和省、市科普教育基地以及省級文明單位。菏澤市博物館的前身為1967年成立的菏澤地區毛澤東思想展覽館，1972年更名為菏澤地區展覽館。1980年6月，菏澤地區展覽館與菏澤地區文物管理站合并，遂更名為菏澤地區文展館，1984年10月，原菏澤地區編辦正式批準成立菏澤地區博物館。1991年12月，菏澤地區博物館選址建設新館，并于1996年4月竣工開館。2000年菏澤地區撤地改市，菏澤地區博物館更名為菏澤市博物館。
菏澤市博物館是一座地志性綜合博物館，占地面積13000平方米，建筑面積4200多平方米，展廳面積1900多平方米，現設有陳列展廳5個、固定陳列3個（元代古船陳列、元代古船出土精品文物陳列、曹州木版年畫陳列）。
自2009年被正式納入山東省首批國家免費開放博物館以來，菏澤市博物館堅持以民為本、服務大局，是菏澤市重要的公共文化服務設施和對外文化交流的窗口單位之一。